Parafia pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego w Zakopanem została erygowana przez kardynała Franciszka Macharskiego w dniu 25 grudnia 1985 roku. Życie parafialne koncentrowało się w tym czasie przy kaplicy Matki Bożej Królowej Apostołów.

Kościół parafialny budowany był w latach 1989-1994. Dnia 24 września 1994 roku ksiądz kardynał Franciszek Macharski poświęcił nowy kościół pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego.

Pierwszym proboszczem, od erygowania parafii do 27 czerwca 1995 roku, był ks. Paweł Sukiennik. Następnie: ks. Wojciech Jakubiec (do 30.06.2012), a od 1.07.2012 ks. Piotr Pławecki. Od 1995 roku rozpoczęto realizację wystroju świątyni według projektu Joanny i Bogusława Kulków. Witraże są dziełem Agaty i Dariusza Logów. Tabernakulum i inne elementy metalowe zaprojektował i wykonał inżynier Prokopowicz. Ołtarz, chrzcielnice i inne elementy marmurowe zostały wykonane w pracowni inżyniera Janusza Skowrona.

Ul. Chramcówki 19