Historia Festiwalu rozpoczęła się w 2000 roku, kiedy to dzięki staraniom ks. Prałata Stanisława Olszówki przeprowadzony został generalny remont organów w Kościele Najświętszej Rodziny na Krupówkach.

Witold Zalewski - I organista Królewskiej Katedry na Wawelu wyszedł z propozycją zorganizowania festiwalu organowego i w 2001 roku odbyła się pierwsza edycja tego wydarzenia, związana głownie z Kościołem Św. Rodziny i przy wsparciu Księdza Prałata. Festiwal wpisał się również w obchody upamiętniające stulecie Krzyża na Giewoncie (1901 r.). Festiwal z biegiem lat rozwijał się, w koncerty włączyło się Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej na Krzeptówkach, Kościół Św. Krzyża, a także „Księżówka”- Dom rekolekcyjny Konferencji Episkopatu Polski.

Początkowo festiwal był typowo organowy, przy instrumencie zasiadali najwybitniejsi muzycy zarówno z kraju, jak i z zagranicy. Na przestrzeni lat impreza ewoluowała, zyskując coraz to szersze grono melomanów muzyki poważnej, repertuar festiwalu został poszerzony o koncerty kameralne. Festiwal uatrakcyjniony jest techniką wizualną, poprzez bezpośrednią transmisję prezentowaną na ekranie projektowym, dzięki której publiczność może widzieć artystów grających na organach. Program festiwalu jest tak dobierany, aby zadowolić nawet najbardziej wymagających melomanów, którzy mają okazję obcować z wielkimi dziełami muzyki organowej, granymi przez znakomitych artystów przyjeżdżających z całego świata.

Międzynarodowy Festiwal Muzyki Organowej i Kameralnej w Zakopanem jest jednym z największych festiwali organowych w Polsce, który wpisał się już na dobre w kulturalny kalendarz wydarzeń miasta i stanowi ciekawą, wakacyjną propozycję zarówno dla turystów, jak i mieszkańców.